元興寺的前身為明日香村的飛鳥寺，建於6世紀末，由蘇我馬子所創，是日本最古老的正統佛教寺院。隨著平城京的遷都，該寺於平城京內重新建立並更名為元興寺。在奈良時代，元興寺曾是南都七大寺之一，盛極一時，但在平安時代後期逐漸衰落。到了中世紀，隨著以智光曼荼羅為主的極樂淨土信仰再次興起，元興寺又重新發展。

元興寺作為「古都奈良文化財」的八項資產群之一，其中舊僧坊的「極樂堂（極樂坊本堂）」和「禪室（極樂坊禪室）」被登錄為世界文化遺產。部分屋頂仍保留著從飛鳥寺移建而來的瓦片，延續了當年的風貌。此外，寺內還有多項重要文化財產，包括指定為國寶的「五重小塔」、國家重要文化財的「東門」、室町時代所製作的「智光曼荼羅」、平安時代的「木造阿彌陀如來坐像」以及「木造聖德太子立像」等眾多珍貴寺寶。