南禪寺的歷史可追溯至13世紀後期，由當時的「龜山上皇」兩度擊退蒙古入侵而創建。作為日本第一座由皇室發願建造的禪宗寺院，南禪寺在其發展過程中歷經多位高僧的領導。

雖然寺院現存的大部分建築均出自江戶時代及之後，但仍擁有許多珍貴的國寶級文物。被指定為國寶的「方丈」建築，原是豐臣秀吉打造的京都御所，後於江戶時代遷移至此。其內飾以桃山風格的巨幅障壁畫為佔據重要地位，出自日本著名的狩野派畫家之手。此外，還有據傳出自左甚五郎之手的精湛雕刻，以及小堀遠州設計的著名方丈庭園等景點。著名的三門也是在江戶時代初期由藤堂高虎重建而成，並在經典歌舞伎劇《樓門五三桐》中登場。

除了建築，南禪寺也擁有精美瑰麗的藝術珍品。其中最為突出的要數狩野探幽所繪的《寶冠釋迦像》和《十六羅漢像》等天井畫作。而寺院內部的水道橋「水路閣」，則是明治時代為引琵琶湖水至京都而建，如今已成為了熱門的攝影景點。