伊賀流忍者博物館的前身是1964年開館的伊賀流忍者房宅，現已轉型為伊賀忍者博物館。除了原有的忍者房宅外，館內還收藏了全國各地與忍者及忍術相關的古老文獻，並設有體驗館和傳承館。

在「機關裝置忍者家屋」中，乍看之下這似乎是一座普通的農家房宅，但其實內部設計隱藏了許多機關裝置，如機關門、隱藏樓梯和暗門等，這些都是為了保護火藥製作的秘密和忍術的秘技。雖然忍者通常給人以擅長使用機關裝置作戰的印象，但他們的主要任務其實是隱藏、監視和逃脫，以避免被敵人發現。

在「忍術體驗館」中，可以看到基於忍術傳書製作的複製品，還有各種實物資料，包括手裏劍、水蜘蛛和撒菱等忍者武器。「忍者傳承館」則介紹了忍者鮮為人知的一面，展現他們的變裝技巧、知識和巧妙的生活方式，並展示了伊賀、甲賀忍者所崇敬的神佛「忍者曼荼羅」。

此外，伊賀忍者特殊軍團「阿修羅」的「忍術實演秀」中，使用真正的武器和道具，透過緊張刺激的實演和詳細的說明，讓人深入了解忍者如何保護自己並完成使命。還有使用真正手裏劍的手裏劍術體驗，讓遊客能親身感受忍者的訓練與技藝。這些體驗讓參觀者更能感受到忍者文化的魅力與神秘。