阿蘇神社供奉著阿蘇的開拓之神健磐龍命及12尊家族神明，是全國約500座分社的總本社。據說這座神社已有超過2000年的歷史，融合了以阿蘇山火口為神體的火山信仰，成為肥後國最負盛名的神社之一，具有崇高的地位。

關於神社的建立時間並無記載，而現今的社殿是在熊本藩捐贈下，自1835年至1850年間重建的。當時所建的神殿和門，現今已被指定為國家重要文化財。特別是擁有兩層屋簷的樓門，規模雄偉，被視為九州最大的樓門之一，並且是「日本三大樓門」之一。

然而，在2016年熊本地震中，樓門等建築遭到倒塌和損壞，目前復原工程仍在進行中。值得一提的是，現今的宮司是自古以來當地勢力強大的阿蘇氏第92代未裔，繼承了這片土地的文化與信仰。阿蘇神社不僅是一個宗教場所，也是歷史與文化的象徵，吸引了眾多信徒與遊客前來參拜與觀賞。