前往別所溫泉最便捷的方式通常是經由「上田站」轉乘地方鐵道。從東京或上野站出發，可搭乘北陸新幹線前往「上田站」 ，車程約1小時30分鐘。抵達後再轉乘上田電鐵別所線，約30分鐘即可到達終點別所溫泉站，整體交通時間大約2小時左右。