前往雲仙溫泉的主要交通方式是從長崎市或諫早站出發，最推薦搭乘島鐵巴士（島鉄バス）直達，車程約80到100分鐘。從長崎機場出發的旅客可以搭乘巴士前往諫早站，再轉乘島鐵巴士，整體行程約需1.5小時。