齋藤旅館（Saito Ryokan）位於別所溫泉溫泉街，是一間擁有百年歷史的小型傳統溫泉旅館。與大型旅館不同，齋藤旅館規模相當精緻，全館僅約9間客房，因此整體氛圍安靜溫馨，也因為家庭式經營而以親切自然的待客方式受到旅客喜愛。許多住客形容這裡像住進日本鄉間的一個家，能夠感受到溫暖而真誠的服務。

別所溫泉綠屋 (Bessho Onsen Midoriya) 位於別所溫泉溫泉街，是一間於2023年8月開幕的精緻溫泉旅館。旅館以結合藝術庭園與高隱私溫泉體驗為特色，整體設計現代而優雅，在保留日本傳統溫泉文化的同時，也融入創新的住宿概念。

別所溫泉玉屋旅館 (Tamaya Ryokan) 位於別所溫泉溫泉街，是一間擁有超過150年歷史的老字號溫泉旅館。別所溫泉被認為是信州最古老的溫泉之一，而玉屋旅館以100%源泉直流的天然溫泉與精緻料理聞名，並在保留傳統氛圍的同時提供現代舒適的日西式住宿空間。

旅館花屋 (Ryokan Hanaya)位於別所溫泉溫泉區，是一間創立於大正6年（1917年）的百年老字號旅館，也是當地最具代表性的歷史旅宿之一。整體佔地約6500坪，館內多數建築皆被列為日本「登録有形文化財」，以純木造建築呈現濃厚的大正浪漫風格，讓旅客彷彿走進百年前的日本。

信州別所溫泉 柏屋本店 (Kashiwaya Honten) 位於別所溫泉溫泉街中心，鄰近著名的北向觀音，是一間擁有超過130年歷史的高級傳統溫泉旅館。整體建築採純和風「書院造」樣式，風格典雅沉靜，充滿古典日式旅館的氛圍。

七草之湯 (Nanakusa no Yu)位於被譽為「信州鎌倉」的別所溫泉溫泉街中心，是一間規模精緻的精品溫泉旅館。旅館於2016年全館重新改裝後再度開幕，以「如小草花般溫柔純樸的款待」為理念，營造出溫暖而寧靜的住宿氛圍。館內所有公共空間均鋪設榻榻米，旅客可脫鞋行走，享受如同在家般放鬆自在的感受。

上松屋旅館 (Uematsuya Ryokan Hotel) 位於別所溫泉溫泉街中心，是一間歷史悠久的百年老字號旅館。別所溫泉被視為信州最古老的溫泉鄉之一，而上松屋旅館則以溫暖細緻的款待、優質溫泉以及對單人旅客友善的住宿環境而廣受好評。

中松屋日式旅館 (Ryokan Nakamatsuya) 位於別所溫泉溫泉街，是一間歷史悠久的純和風旅館，創業於江戶時代，至今已有超過280年的歷史。旅館最大的特色是全館鋪設榻榻米地面，房客進入館內後即可脫鞋赤腳行走，營造出溫暖舒適且充滿日式居家感的住宿氛圍。